1、要以事业单位发展政策为指导。目前的事业单位分类主要是简单地以经费渠道分类和按行业分类，这样分类的作用是很有限的，对事业发展不起导向作用。一个时期以来，事业单位无序发展的情况十分严重，比如事业性质的执法队伍就存在着过多，过滥的现象，几乎每颁布一部法律或地方性法规就要组建一支执法队伍，大盖帽满天飞，致使人员膨胀，财政负担沉重，乱罚款、乱收费现象突出，但执法效果却并不理想。目前部分城市推进的联合执法和行政处罚权试点工作，就是为解决这一问题而采取的重大举措。因而，在今后一个时期内主要发展哪些事业，限制哪些事业，怎样合理布局，怎样总量控制，怎样分类管理，政府应制定事业单位发展的指导性、方向的政策规定，引导各类事业协调、健康发展。
2、要实行能够激励事业单位制度创新活动的财政政策。事业单位的制度创新活动是有一定风险的，也需要得到财政的支持。当前，我们应从以下几个方面加强激励事业单位制度创新的财政政策：
一是对事业单位改制给予一定的过渡期。过渡期间，在经费核拨、人员分流、职工社会保险等方面实行支持和鼓励的优惠政策，以增强改制单位的生存能力和竞争能力。
二是采取新的财政拨款政策。分别实行事业基金、绩效预算、政府采购合同等多种形式，引入事业竞争机制，提高事业单位的工作效率和事业经费的使用效益。并加强对财政拨款资金使用的监督，杜绝浪费。
三是采取鼓励社会办事业的优惠政策。对事业单位利用外资创办或与其他组织、个人联办的符合国家产业方向的社会事业项目，给予税收、金融、价格等优惠政策。近年来，有些地方政府在这方面也陆续出台了一些具体的政策。上海市人民政府从1998年10月1日起开始实施《养老机构管理的办法》。该《办法》指出，政府将在继续增加财政投入的同时，鼓励企事业单位、社会团体和个人兴办养老机构，也欢迎境内外组织和个人合资、合作兴办养老机构，政府在税收与用地、城市建设与公用事业收费以及交通等方面均给予优惠政策。
3、实行有利于事业单位制度创新的人才政策。人才是制度创新的主要决定因素。为加快事业单位制度创新的步伐，政府应专门制定事业单位的人才培养、引进和稳定人才的政策，为事业单位的人才制度创新提供政策依据和政策引导。处于改革开放前沿的深圳特区，近年来十分重视实施人才战略，制定了一系列有效的人才政策。今年年初提出了制定今后5年至10年人才队伍建设规划纲要，分行业分系统培养WTO专才，打开大规模引进海外高层次人才的局面，机关、国有企业和事业单位推出一批高级职位供高层次人才竞聘等四个方面的举措，在提高人才的国际竞争力，引进高层次人才，优化人才环境，提高人才服务水平等方面做了积极有效的探索，这些做法和经验都是值得各地学习和借鉴的。
五、加快事业单位管理的法制建设，为事业单位的制度创新提供法律保护
没有法治的制度创新，是不可能实现的，因此，要以立法来保证事业单位制度创新的自觉性和目的性。同时，将形成的创新制度法制化。
一是制定和健全事业单位管理的法律法规。目前，我国对于事业单位虽然有登记管理条例，但有关事业单位的资产管理、资金的筹措与使用规定、税收政策、经营范围，评价标准，社会监督等方面详细的法规、法律还很不健全。政府和社会不能依法对事业单位进行管理，只能采取行政的手段。国家应出台事业单位的机构编制管理法规和其他法规，规范事业单位机构编制管理行为和其他行政管理行为。各省、自治区、直辖市应结合本地实际，研究制定符合本地实际的规范事业单位管理和运作、发展的行政规章或办法，把一些已经实践检验证明是正确可行的管理制度和经验，加以规范和推广实施，推进本地事业单位的制度创新工作。
二是依法行政。用法律和制度规范和约束政府主管部门对事业单位的管理行为。依法行政是现代公共行政管理最本质，也是最起码的要求，有利于限制行政权力，防止行政机关滥用权力。对事业单位的管理是政府行政管理活动的重要内容，随着国家行政管理法制化进程，政府主管部门依法行政，才能保护事业单位的合法权益，才能最大程度地发挥事业单位的效能。
